将变性淀粉加入到烘焙果酱中，可以增加果酱的热稳定性，保水性，还可代替果酱中的凝胶剂，降低生产成本。
研究人员以蜡质玉米变性淀粉为原料，制备了不同交联度以及不同取代度的4种磷酸盐交联羧丙基改性淀粉和2种己二酸交联乙酰化改性淀粉，研究了6种改性淀粉对果酱的保水性、耐高温烘焙性以及感官品质的影响，确定烘焙果酱的最佳配方为：5%-8%的改性淀粉，10%的蔗糖、20%-40%的糖浆，0.5%-1%的黄原胶、海藻酸钠、CMC-Na、果胶1%-5%的山梨糖醇，适量果肉浆、色素、防腐剂、缓冲盐等。结果显示：热稳定性和耐酸性能最好是高交联度磷酸盐交联羟丙基化蜡质玉米改性淀粉，它可以提高体质的黏度和持水性，改善烘焙果酱的烘烤性，使烤制出的产品拥有良好的外观和口感。
也有研究人员研究了酯化淀粉和交联酯化淀粉在菠萝果酱中的应用，研究结果表明：酯化变性淀粉能改善果酱的稠度、透明度、亮度、组织状态和口味，但缺点是冻融稳定性不好，不适合应用于果酱。交联酯化变性淀粉能赋予果酱的制作。
